Elle peut être grave en cas d'absorption accidentelle, d'inhalation forte ou de contact avec la peau. Elle paraît également avérée, mais dans une moindre mesure, en cas d'ingestion régulière de résidus de pesticides dans l'alimentation ou l'eau de boisson. Outre les empoisonnements, la toxicité se manifeste par des effets très divers : cancérigènes, immunodépresseurs, mutagènes, neurotoxiques, etc.
D'après une étude de l'IFEN, les analyses de pesticides dans les eaux superficielles et souterraines réalisées sur plus de 10 000 stations de surveillance en 2003 et 2004 sur le territoire national indiquent la présence de pesticides sur 96% des points de mesure des cours d'eau et 61% des points de mesure des eaux souterraines.
La norme européenne en vigueur pour l'eau potable est fixée à 0,1 microgramme par litre par substance active.
Cela signifie qu'1 gramme de substance active suffit pour polluer un cours d'eau d'1 mètre de large et d'1 mètre de profondeur sur 10 kilomètres.
Les trois-quart du volume des bouillies appliquées seraient perdus lors de pratiques inopportunes (mauvaises conditions climatiques, topographiques, etc.). Il y a transfert de molécules de produits phytosanitaires vers l'atmosphère.
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