Dès lors que le SAGE est arrêté par le Préfet, toute décision administrative doit être compatible avec le SAGE si elle relève du domaine de l'eau, ou doit prendre en compte le SAGE, si elle ne relève pas directement du domaine de l'eau.
Le schéma ci-dessous présente la hiérarchie entre le SAGE et les autres documents de planification.

La portée jurdique du SAGE a été renforcée par la loi sur l'eau et les milieux aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006, qui a rendu le règlement du SAGE opposable aux tiers.
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